一、初次运转的准备
1．检查粉碎泵，气泵（风机）轴承、填料函内是否有油，但气泵进出口内不要加油，因为气泵叶片是油润滑的。
2．检查水泵转向是否正确。
3．打开阀V4，关闭阀V1、V2和V3。
4．打开消防水入口阀，向柜内加水，待消毒室内液位到达中位时粉碎泵将自动起动，此时应保持阀V4常开，并停止消防水进入，待消毒室内液位达到低位时，粉碎泵自动停止。
二．培养菌种
1．打开污水入口阀，让厕所来的污水进入装置。
2．将气泵（风机）转换开关转向“连续”位置，气泵（风机）连续运转。
3．打开V3、V6。
4．待消毒室液位到达中位时，排放泵自动起动，待液位到达低位时，排放泵自动停止。
5．排放泵如前起停三次后，关闭污水入口阀，进行“闷曝”过程。
6．每隔一天停歇气泵半个小时，然后打开污水入口阀，待排放泵起停一次后，关闭污水入口阀。
7．视环境温度和污水质量而定，培养时间约在5-7天左右，如果预先从陆地上污水处理厂假如5升活性污泥菌种的话，可缩短时间，一般仅需两天。
三．正常运行
1．将排放泵转换开关转在“自动”。
2．将气泵（风机）转换开关转向“连续”。
3．打开污水入口阀。
4．每天打开V6、V5二次，在半透明塑料管中能看到污泥返送，每次约二分钟。视沉淀区上观察玻璃上泥多少定。
5．《白天-黑夜》即《连续-断续》开关的使用。
四．污泥排放
1 ．从取样口用100ml量筒在正常状态下取出含有悬浮物的固体，静止半小时后，如沉淀物界面超过40%时，此时应排放污泥。
2．从沉淀区观察窗中看到的沉淀物超过观察玻璃2/3时，此时先加大阀V5开度，以增加污泥回流量，如无效，则也应排放污泥。
3．排放污泥时，关闭V4，打开阀V3，手动启动排放泵，将沉淀柜内污泥排出，待液位降至观察玻璃1/2时，手动停止排放泵。
4．污泥排放周期一般为三个月，且一定要在公海内排放。所以当船舶航行于公海时，不管是否到了三个月，可以将沉淀区内污泥排去一些， 不要全部排空，以保留一定菌种。
5．公约允许在离陆地4海里外排放经粉碎消毒的污泥，在12海里外可排放未经处理的污水。
五．长期停止不用（指超过三个月不用的工况）
1．关闭污水进口阀。
2．打开V1、V2、V3阀，将全部污水排至舷外。
3．用冲洗水冲洗柜子，反复三次，排空。
4．切断电源。
